Qualidea Code Sub Indo. Pada hari yang tenang dan damai, muncul mahluk aneh dari langit, melancarkan serangan cepat dan brutal terhadap kemanusiaan. Untuk melindungi masa depan negara, semua anak Jepang dibekukan secara kriogenik sampai akhir perang untuk menjaga mereka dari bahaya. Beberapa tahun berlalu, dan umat manusia telah mendirikan pijakan di sudut Jepang, yang sekarang berfungsi sebagai garis depan perang.
Tidak lagi menghadapi kepunahan umat manusia, anak-anak terbangun dari tidurnya. Kemudian ditemukan bahwa, ketika dalam cryogenesis, anak-anak telah mengembangkan Dunia, kekuatan gaib yang unik untuk setiap orang. Keenam anak yang paling kuat diberi komando kota-kota yang direklamasi, menggunakan kekuatan mereka untuk mempertahankan benteng melawan invasi yang berkelanjutan. Ichiya Suzaku & Canaria Utara memimpin Tokyo, Kasumi & Asuha Chigusa mengelola Chiba, Maihime Tenkawa & Hotaru Rindou mengawasi Kanagawa.
Seiring waktu, serangan yang hampir rutin dari Yang Tidak Diketahui dan kepribadian yang berbenturan dari kepala kota dan subpos memupuk persaingan kecil-kecilan, yang mengarah pada pertengkaran konstan antara ketiga kota. Dengan Unknown tiba-tiba meningkatkan tekanan serangan mereka, para pemimpin ketiga kota harus belajar bagaimana bekerja sama atau berisiko kehilangan garis pertahanan terakhir melawan kepunahan umat manusia.
