Rail Wars Sub Indo Batch. Menceritakan yang terjadi di alam semesta dimana tempat pemerintah Jepang tetap mengendalikan sistem kereta api di negara tersebut. Karena stabilitas yang diberikan oleh pemimpinan, Sistem kereta api disana dibiarkan berkembang.
Seorang anak SMA bernama Naoto Takayama bercita-cita untuk menjadi karyawan Japan National Railways karena kehidupannya yang nyaman memungkinkannya untuk hidup. Untuk mencapainya ia harus memasuki program pelatihannya dimana siswa harus menunjukkan pengetahuan mereka tentang kereta api. Serta kemampuan mereka untuk siap menghadapi setiap tantangan yang mungkin timbul.
Selama pelatihan ia akan bertemu dengan siswa lain seperti Aoi Sakura yang berbakat secara atletik, Sho Iwaizumi yang selalu lapar, dan Haruka Komi yang pintar. Bersama-sama mereka akan bekerja untuk bertahan hidup di masa pelatihan mereka. Banyak masalah yang harus dihadapi seperti penjambret dompet, ancaman bom, dan momok yang mengancam dari kelompok “RJ” ekstremis yang ingin memprivatisasi sistem kereta api.
