Shinsekai yori Sub Indo. 1000 tahun di masa depan, sebuah wabah baru tiba-tiba muncul dan membuat manusia terjangkit sekitar 0,1% dari populasi. Mereka yang terjangkit merupakan evolusi manusia dan memiliki kekuatan psikis disebut Juryoku.
Karena kekuatan tersebut membuat dunia menjadi kacau. Banyak yang memiliki kekuatan untuk menindas yang lain, penyalah gunaan ini membuat dunia semakin kacau. Namun, sekarang umat manusia membuat peraturan baru yang kompleks.
Watanabe Saki yang tinggal di kota Kamisu 66. Ia baru saja diterima di sekolah khusus Juryoku, dan sekarang ia bisa berkumpul kembali bersama dengan 4 temannya yang sudah lebih dulu masuk ke sekolah itu. Ke 4 temannya yaitu Asahina Satoru, Aonuma Shun, Akizuki Maria, dan Itou Mamoru.
Kecurigaan Saki dan teman-temannya terhadap orang-orang yang gagal memunculkan kekuatannya dan banyak dari mereka yang tiba-tiba hilang begitu saja, mereka pun terseret ke masalah besar.
